La pérennité de l’AQIA est assurée grâce à l’implication de professeurs-chercheurs de l’Université Laval. L’Institut sur la nutrition et les aliments fonctionnels (INAF) de l’Université Laval appuie la mission et l’œuvre de ces chercheurs en contribuant au salaire de la coordonnatrice. La direction de l’AQIA s’est adjoint des administrateurs du milieu de l’industrie et du ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation pour la poursuite de sa mission. Le conseil d’administration veille à la bonne marche de l’association et à l’organisation de ses activités. L’AQIA se finance exclusivement par les cotisations des membres ainsi qu’avec les commandites et l’inscription des participants aux activités qu’elle organise.